Nato a Bologna nel 1942, il professore Baccarani si era laureato in Medicina e Chirurgia all'Università di Bologna nel 1966, dove era stato allievo del professor Sante Tura. Specializzatosi in malattie del sangue all'Università di Modena nel 1969, era stato borsista di ricerca all'Università di Bologna nel 1968-1970 e all'Università di Copenhagen nel 1971. Dal 1972 Baccarani al 1985 è stato assistente e aiuto dell'Istituto di Ematologia 'L. e A. Seràgnoli' dell'Università di Bologna, quindi professore di Ematologia all'Università di Trieste dal 1986 e poi professore ordinario di Ematologia e direttore presso la Clinica Ematologica dell'Università di Udine fino al 2000.
Baccarani è stato fondatore e coordinatore del Dipartimento per il Trapianto del Midollo Osseo di Udine dal 1995 al 2000 e coordinatore del Gruppo Coop. Italiano per lo Studio della Leucemia Mieloide Cronica (oggi Cml Working Party del Gimema) dal 1989. Dal 2000 è stato professore ordinario di Ematologia all'Università di Bologna e direttore dell'Istituto di Ematologia "L. e A. Seràgnoli", Dipartimento Assistenziale Integrato di Ematologia, Oncologia e Medicina di Laboratorio del Policlinico S.Orsola-Malpighi. Dal 2001 al 2007 è stato anche vice preside della Facoltà di Medicina e Chirurgia dell'Università di Bologna. È stato Direttore del Dipartimento Universitario di Ematologia e Scienze Oncologiche "L. e A. Seràgnoli" e coordinatore del Centro per lo Studio delle Cellule Staminali del Policlinico Sant'Orsola-Malpighi.